У меня было в КДЕ после удаления Домашних папок в корзину и далее совсем удалил, вот тогда удалился Рабочий стол(пришлось заново настраивать). У тебя какое DE - MATE или LXDE?

Пользовательские каталоги должны обновляться в зависимости от локализации. В данном случае, ли обновление не отработало, или само приложение по какой-то причине не учитывает локализированные пользовательские каталоги.
Самый простой путь, как мне кажется, сделать символьную ссылку с "~/Рабочий стол" (если такой каталог для раб. стола используется, надо посмотреть точное название в домашнем каталоге) на ~/Desktop
[console=user]ln -s "~/Рабочий стол" ~/Desktop[/console]
В результате, при попытке обратиться к ~/Desktop приложения попадут в "~/Рабочий стол" и проблема отпадет сама собой (предположительно).