Если мое ИМХО, то разницы очень мало, что будет лежать в основе. Вся суть только в репозиториях.
Мы стараемся в MagOS с каждой новой сборкой сделать ее более стабильной. Неприятности вносят только последние изменения в ядре - проблема проприетарных дров.
Все говорят о расколах, но они только политические. Системы очень долго не будут отличаться (да и будут ли вообще? кому надо кардинально менять последние базовые версии библиотек, если апстрим идет в ногу со временем), а программы, т.е. GNU/Linux и того дольше.
В настоящее время разница только в rpm. Все остальное - это лишь желание. В MagOS модули можно собирать на любом репозитории и тем более на Мандрива/Магея/Роса репозиториях. Более того, я иногда экспериментирую с программами из Ubuntu, OpenSuse.
В чем определяющий фактор репозитория? Только в том, что пользователю необходимо иметь возможность самостоятельно устанавливать программы и если это будут различные дистрибутивы и репозитории, то это будет трудно. Если создавать актуальные модули, то устанавливать что-то дополнительно нужно будет лишь единицам. Большинству будет достаточно подключения модулей официально поддерживаемых и тестируемых. И им совершенно неважно, что часть из них сделана из Debian, часть из Mageia, часть Роса, часть Мандрива или что-то еще.
Я уже давно вынашиваю идею сделать такую сборочную для модулей, которая отвязана от дистрибутивов. Пока дальше экспериментов по ручной сборке это не ушло, но у меня есть положительный опыт таких модулей, которые работают, как часики и взяты совершенно из разных репозиториев. И это учитывая то, что беру я уже бинарные программы, т.е. собранные под конкретные дистрибутивы.