2 раза в сутки нормально или переписывать все скрипты на сервере, так как когда я сажусь собирать дистрибутив, то пакеты исчезают из репозитория.
В итоге собрать дистрибутив невозможно. Было каждый час по 17 минут не работал репозиторий.
То есть каждый час 17 минут занимало обновление, а в этот момент и репозиторий подключается с глюками, и пакетов в нем нет.
Надо ссылки и файлы не удалять при обновлении реп и создавать вновь. А делать более сложный анализ, удаляя лишь отсутствующее.
Все rm из скриптов надо убрать однозначно.
Конечно, хочется, чтобы репы обновлялись чаще, но без переписывания скриптов это уже невозможно. Репозиторий растет, время обновления растет тоже, в период обновления репозитория он на данный момент не работает. Поэтому пока кто-нибудь не перепишет скрипты, обновление сделали реже.

olelukoie, посмотри лучше скрипты на сервере, чтобы там не было никаких rm, чтобы процесс обновления реп не затрагивал их доступность. Тогда можно будет сделать обновление реп чаще.