Была подобная тема про плазму.
В mate много раз пытался привести курсоры разных приложений к одному виду.
Помогли добрые люди из чата OpenSuse.
Рецепт прост.
Нужно в домашнем каталоге юзера в ./icons создать каталог /default, и в него скопировать cursor.theme index.theme желательных курсоров. Я ещё на всякий случай туда же добавил каталог cursors со значками курсоров.
После этого курсор в приложениях на qt и gtk выглядит одинаково.