С папками в принципе всё просто и мне лично больше нравится как это устроено в linux, нежели в винде.
Пример:
/home/username - это папка пользователя, что в некой мере является эквивалентом в винде "C://users/username"
Здесь так же находятся папки Рабочего стола, документов, видео, аудио и тд.
Если нужно поработать, можно создать папку в каталоге /home/username к примеру /home/username/myjob и туда складывать файлы или работать там создавая к примеру нужные каталоги (это вроде всё так же как и в винде)
У меня же к примеру /home является отдельным разделом, что позволяет не терять данные в случае необходимости переустановки ОС, в принципе остаются половина настроек даже (что удобно, хотя может и не совсем правильно)
Если у вас есть раздел с файловой системой ntfs - лучше от неё отказаться, либо использовать как место хранилища вида - положили и лежит, изредка читаем.
Конкретно для работы, лучше создавать папки и файлы именно там, где находится linux файловая система ext3, ext4 и т.д.
Если у вас какие то данные на привычном вам диске D, можете просто сделать ссылку в удобное для вас место (лично у меня так и сделано, опять же правильно или нет, если нет - надеюсь поправят меня)
Таким образом, куда бы мне не нужно было попасть, всё исходит из папки /home/username, хотя к примеру привычный для вас диск D у меня находится в каталоге /media/data
Просто ссылки размещены с нужных мест из "даты" в нужные места в каталоге пользователя.

Думаю это общее, интересует что-то конкретное, спрашивайте более конкретно.

По созданию ссылки, было где-то на форуме здесь, но напомню:

Пример:

В KDE так же есть пункт меню "создать ссылку"
Контекстное меню (правая кнопка мыши)
Создать->Символическую ссылку
Далее откроется окошко в котором будет лишь два поля, что нужно сослать и куда нужно сослать.

usesa, уж простите, но Вы придумываете себе проблему на пустом месте. Разделите её логически на части.

1) /home/USER/ - Ваш (где "USER" - Ваш логин) каталог (слово "папка" в Линуксе не очень прилично). Сделайте там любой подкаталог, хоть /homr/USER/job и кладите туда всё, что хотите. Можете вывести его как отдельную "точку входа" в файлменеджер

2) Куда устанавливаются приложения из исходников (а Вы вообще ЗАЧЕМ такое делаете? Репозитория не хватает?) устанавливаются туда, где им сказано в конфигурации и обычно описано в инструкции по установке (обычно INSTALL.txt, README.txt, READ.me и т. п.). Обычно в /usr/bin/ само приложение и библиотеки куда нужно. Вежливые сторонние приложения устанавливаются в /opt/

3) Пути к файлам извлекать ОТКУДА?

algri14,смысл раздела audiovideo я понял. Но название как-то смущает, если из музыки я использую два файла m3u , которые по 45байт каждый, а видео я смотрю разве что на youtube обучающие какие-нибудь ролики, да из ВК раз в месяц фильм посмотрю, и уж явно не буду их сохранять. То есть, может другое название дать папке ? И, насколько я понял,  в /home/имя_user устанавливаются и рабочие столы. А у меня бывает на рабочий стол приходится выгружать архивы с фото или pdf файлы. А их размеры могут достигать по 20Гб. Плюс я привык на рабочем столе рскладывать все файлы, которые использую для работы на данный момент. Я ради эксперимента сейчас рабочий стол на винде весь выделил и глянул - вышло 7гб. Не знаю, насколько 4 рабочих стола, но два я бы исользовал точно. Наверняка очень удобно для работы. Плюс я ещё не совсем понял, как и куда устанавливаются программы. Как при таком подходе должно быть разделено пространство? Надо ли переустанавливать систему? Спасибо!

В частности меня интересует phpstorm я его скачал с rutracker'a а как установить не понимаю. Там архив tar и в файлах есть install, но что-куда жать - не понимаю. Касательно "грязно" оно-то да, но, как только я заканчиваю с проектом, всё уходит в архив или удаляется и стол снова чистый. А если по папкам разбивать и делать ссылки - не вариант. Столько раз пробовал, но когда проектов несколько, начинаю путаться, особенно если нужно прописывать пути руками в файлах. Поэтому работать на рабочем столе вошло как-то в привычку

usesa, это уже перебор, название что ли сами не в состоянии дать? Название раздела должно быть на латинице, в нижнем регистре, без пробелов и без дефиса(подчёркивание можно) - возьмите это за правило, название папок можно и на кириллице, но некоторые плагины браузера и проги не любят кириллицу(имей ввиду). У меня например так:
http://storage1.static.itmages.ru/i/15/ … ee4d5c.png

А чем не удобен? У меня в папке - Шаблоны, лежит текстовый файл с командами в консоли:

Удаляю из хомяка - Видео-Документы-Изображения-Музыка-Шаблоны (предварительно копирую их и кладу в /mnt/audiovideo/AudioVideo), далее даю команду в консоли и делаю симлинки сразу на 5 папок. А вот с папкой -Загрузки , особое отношение:

Всё это я написал в статье, почему я делаю именно так, потому что система по дефолту работает именно с этими папками - Видео-Документы-Изображения-Музыка-Шаблоны-Загрузки, предлагая в первую очередь именно в них скачать или загрузить из инета (хотя без проблем можно положить куда угодно, но это лишние телодвижения)
Зато при переустановке, ВСЕ мои файлы и документы трогать не надо, если хомяк переустанавливаю, то ещё раз в консоли команду дам и всего делов то.

Про фломастеры - обычно что попробовал в первый раз, тем и пользуешься и только со временем, при случае, пробуешь что-то другое

Я, наоборот, в винде никогда не работаю на рабочем столе. А в КДЕ привык. Создаю комнату и работаю. Удобно когда много промежуточных
файлов и папок. Результат работы перемещаю в нужное место, а остальное в утиль. Стол снова чистый и система не загаживается.

usesa, а их и не хватает. По умолчанию у пользователя права на запись только в /home/пользователь есть.

Сделает пользователя и его группу владельцем каталога и права на запись появятся.

з.ы. а вам зачем вообще этот /mnt/audiovideo? я понимаю смысла, когда систем несколько на одном HDD, отдельный раздел создается, чтобы там общую файловую помойку устроить, тогда оно себя окупает, а если установлена только одна система, то, как по мне, создание /mnt/audiovideo - лишнее и ненужное телодвижение, которое и в перспективе будет требовать лишних и ненужных телодвижений.

Ну я ноль в магее, мне не один человек посоветовал, я думал так и надо

Вот я тоже при установке монтировал и прав у меня не хватило

Что-то я запутался. Какого пользователя создать и как?

Какой у Вас логин в системе тот и ставьте.

Например у меня /home/algri А в консоли это будет так:

Команду давать от root'а

Я не отрицаю ваш вариант, он имеет место быть и кому-то удобен, но он не единственно верный. И количество требуемых действий на самом деле окупает себя, когда у вас несколько дистрибутивов GNU/Linux установлено и требуется общий раздел.
Но это отнюдь не единственный возможный вариант.

Например, можно просто при новой установке системы указать другое имя пользователя и потом из каталога старого пользователя себе перебросить все данные. Для новичка это ещё проще, чем создание отдельного раздела

Другой вариант, загрузиться с Live-системы, смонтировать проблемный /home

Это удалит все файлы и каталоги, начинающиеся с точки, т.е. все конфиги разом будут удалены.

Эти варианты не знал - спасибо, возьму на заметку, пригодятся.